Deep Impact, film catastrofico del 1998, finisce con la distruzione delle grandi città della costa est degli Stati Uniti a causa della caduta della prima, più piccola, cometa. La seconda, molto più grande, si disintegra nell’atmosfera grazie al sacrificio della spedizione spaziale inviata per distruggerla. Nella scena finale del film, il presidente degli Stati Uniti Tom Beck pronuncia un accorato discorso alla nazione, per invitare gli americani a rimboccarsi le maniche e ricostruire la propria vita; tutto questo, al cospetto di un Campidoglio in ricostruzione.
Jenny Lerner, una reporter televisiva la cui carriera è in ascesa, scopre, indagando sulle sospette dimissioni del Segretario di Stato Rittenhouse, che una nuova cometa è in rotta verso la terra, e la colpirà in meno di un anno, causando danni incalcolabili; il corpo celeste, chiamato Wolf-Beiderman, prende il nome da un giovane appassionato di astronomia che lo ha rintracciato per la prima volta, e dallo scienziato che ha confermato l’avvistamento. Il presidente statunitense Beck è quindi costretto a rivelare in anticipo alla stampa il piano approntato per evitare la catastrofe: una squadra di esperti astronauti, formata da sei americani e un russo, detonerà alcune testate nucleari all’interno della cometa per deviarne la rotta; la spedizione è guidata dall’esperto Oren Monash, con il supporto del veterano Spurgeon Tanner, che guiderà lo shuttle Messia all’interno della cometa.
Qualche mese dopo, mentre la missione è pronta a partire, Jenny è stata promossa ad anchorman principale, e seguirà in diretta lo sbarco degli astronauti; Leo, d’altro canto, è ormai diventato una star nel suo liceo, ed è riuscito a conquistare Sarah, la ragazza che era con lui al momento della scoperta. Mentre tutta l’America freme per avere notizie del Messia, l’innesto delle testate non va come previsto; l’ufficiale medico dell’equipaggio, Gus Partenza, non riesce a risalire a bordo e resta disperso nello spazio; Monash, invece, subisce gravi ferite a causa dei gas bollenti nell’atmosfera, e perde la vista; come se non bastasse, la spedizione, ora guidata dal solo Spurgeon, ha fallito: le testate nucleari, invece di distruggere la cometa o deviarne la rotta, l’hanno semplicemente separata in due pezzi, uno più piccolo (che da lì in avanti verrà confidenzialmente chiamato Beiderman) e uno molto più grande (Wolf).
L’ultima possibilità risiede nell’utilizzo di missili che però possono essere lanciati solo quando le comete saranno già entrate nell’atmosfera terrestre; alla fine, anche questa risorsa si rivela inutile e allora il presidente Beck avverte il popolo americano dell’infausto destino; la cometa Beiderman colpirà la costa Est e il conseguente catastrofico tsunami distruggerà le città di New York, Boston, Philadelphia e Atlanta; Wolf, invece, cadrà in California sulla costa Ovest, e i danni dell’impatto saranno incalcolabili; la vita vegetale e animale si azzererà nel giro di qualche settimana, e i cieli resteranno bui per quasi due anni; spetterà a un manipolo di cittadini ricostruire da zero l’esistenza umana. Infatti, tempo prima era stata istituita una lotteria attraverso la quale erano stati prescelti 800.000 civili, da affiancare a 200.000 scienziati, da trasferire in profonde ed enormi caverne, dove la civiltà umana potrà riprendere dopo la catastrofe. Leo, selezionato in quanto scopritore della cometa, chiede a Sarah di sposarlo, per poter andare insieme nel rifugio; la ragazza accetta, ma quando, per un errore burocratico, ai suoi genitori non viene concesso di andare con loro, Sarah decide di rimanere; una volta alle caverne, però, Leo decide di tornare indietro dalla ragazza; Jenny, intanto, persa la madre, che ha deciso di terminare in anticipo la sua vita, dopo non essere stata scelta, cerca, con poco successo, di riconciliarsi col padre; Jenny non ha mai digerito il fatto che l’uomo abbia abbandonato la moglie per rifarsi una vita con un’altra.
Nel frattempo, a bordo del Messia, l’equipaggio, stanco e ferito, si sta dirigendo verso la Terra, quando Spurgeon ha un’ultima idea per distruggere Wolf, la cometa più grande (la più piccola è ormai troppo vicina all’impatto e non c’è più nulla da fare); inserire le testate nucleari rimaste all’interno di una piccola cavità della cometa, per farla esplodere e ridurla in piccoli pezzi; purtroppo, però, il carburante rimasto nel Messia non è sufficiente per entrare nella cometa e uscirne; l’equipaggio dovrà sacrificare le proprie vite per la salvezza della Terra. Dopo aver contattato il centro di controllo di Houston e ottenuti i codici di armamento delle testate, i membri dell’equipaggio, uno a uno, salutano per un’ultima volta i loro cari rimasti a terra, per poi gettarsi a capofitto nel cuore della cometa; Spurgeon, prima di premere l’acceleratore e gettare il Messia nel centro della cometa, osserva la foto della moglie morta anni prima; Monash, invece, saluta la moglie e il figlioletto, senza far loro capire di essere diventato cieco.
Intanto, a poche ore dall‘impatto della cometa Beiderman, Leo, disperato, è alla ricerca di Sarah, e la trova nel bel mezzo di un gigantesco ingorgo autostradale; i due innamorati si riabbracciano e Sarah, riluttante, abbandona i genitori, per mettersi in salvo insieme a Leo e al proprio fratellino neonato. A Washington, intanto, un elicottero della redazione televisiva porterà un gruppo di sette persone sulle montagne, al riparo dalla mareggiata, per poi portare Jenny nelle caverne; all’ultimo momento, la donna cede il suo posto sul velivolo alla sua collega e mentore Beth, che potrà così stare insieme alla figlia; Jenny, allora, raggiunge il padre su una spiaggia e i due finalmente si riconciliano; poco prima che la mareggiata causata dall’impatto della prima cometa li travolga, Le onde, implacabili, sommergono case, grattacieli, persone; la Statua della Libertà è fatta a pezzi, e il ponte di Brooklyn crolla sotto la forza dell’acqua; nel frattempo, Leo e Sarah sono riusciti ad arrivare a fatica ai piedi degli Appalachi, proprio mentre sopra di loro esplode una pioggia di lapilli; sono i resti della grande cometa Wolf, distrutta dall’eroico sacrificio del Messia.
Il discorso del presidente Tom Beck riassume i danni enormi causati dall’impatto della cometa più piccola, mentre alle spalle del Presidente vediamo ergersi una gigantesca impalcatura, quella del nuovo Campidoglio in costruzione; il Presidente fa leva con dignità sullo spirito operaio e patriottico proprio della sua nazione. Il film si chiude con queste parole: “Le città cadono, ma vengono ricostruite; gli eroi muoiono, ma di loro resta eterna memoria; noi gli renderemo onore con il nostro lavoro… arando un campo, e raccogliendone i frutti; consolando i nostri figli, ai quali insegneremo a essere riconoscenti, e ad apprezzare quanto ci è stato reso. Il nostro pianeta.”
