Mission: Impossible – Dead Reckoning – Parte 1 finisce con Ethan Hunt (Tom Cruise) che entra in possesso della chiave cruciforme che darà accesso all’Entità. Comprensibilmente nel secondo e ultimo capitolo del film, la cui uscita è prevista per il prossimo anno, l’agente dell’IMF dovrà raggiungere il relitto del sottomarino Sebastopol per accedere all’Entità e disattivarla. In questo modo potrà scongiurare una catastrofe di portata mondiale.
Ma andiamo con ordine. Il settimo e penultimo capitolo della saga cinematografica ispirata all’omonima serie televisiva di Bruce Geller inizia all’interno di un sottomarino russo, il Sebastopol, un mezzo militare molto potente, completamente invisibile ai radar. E che si prepara a tornare in patria.
Quando il Sebastopol intercetta un sottomarino americano che lancia contro un missile, il capitano si rende conto che il sistema stealth del suo mezzo è del tutto compromessa e si prepara alla battaglia, rispondendo al fuoco. Tuttavia, l’imminente contatto con l’arma americana si rivela finto. A questo punto è il missile russo a colpire il Sebastopol, uccidendo di colpo l’intero equipaggio.
Ad Amsterdam, Ethan Hunt (Tom Cruise) riceve una nuova missione da compiere. Deve intercettare la sua amica ed ex agente dell’MI6 Ilsa Faust (Rebecca Ferguson), che avrebbe rubato metà di una misteriosa chiave, che è la via d’accesso a un’Intelligenza Artificiale sperimentale, l’Entità. Nel deserto arabico la donna sta tentando di difendersi da un gruppo di mercenari.
A salvarla è lo stesso Hunt che le consiglia di fingersi morta e di mettersi al sicuro. Il quadro si fa più chiaro quando il direttore dell’IMF, Eugene Kittridge (Henry Czerny), spiega ad Hunt, piombato en travesti durante un vertice importante, che l’AI è stata già modificata fino a diventare senziente. Ed è quindi un’arma potente che se finisse nelle mani sbagliate potrebbe mettere a rischio l’intero mondo.
Hunt rivela al suo capo di essere in possesso della chiave di Ilsa e che ha l’intenzione di distruggerla. Kittridge dal canto suo vorrebbe che fosse l’IMF a tenerla. Nel tentativo di far rinsavire Hunt, che nel frattempo lo addormenta per scappare, gli mette alle calcagna degli agenti ufficiali.
All’aeroporto di Abu Dhabi, Hunt, Benji (Simon Pegg) e Luther (Ving Rhames) individuano l’uomo che dovrebbe vendere l’altra metà della chiave. Mentre Hunt prova a prenderlo, la ladra professionista Grace (Hayley Atwell) gli sottrae il prezioso oggetto. Tra i due scatta una chimica immediata. Hunt allora prova a convincere la donna a lasciargli l’oggetto, spiegandole di essere nel bel mezzo di una colossale azione di sicurezza. Grace tuttavia lo tradisce e si imbarca su un aereo diretto a Roma. Sulle tracce della ragazza si lancia anche Gabriel (Esai Morales), un uomo che riporta alla mente di Ethan la tragica morte della donna amata, Marie, prima di entrare nell’IMF.
Così, mentre Benji disinnesca un finto ordigno nucleare, gestito dall’Entità per studiare Ethan e soci, l’azione si sposta nella Capitale. Qui Grace è minacciata da Paris (Pom Klementieff), donna al soldo di Gabriel. Ancora una volta Grace si prende gioco di Ethan e si prepara per il successivo capitolo della storia a Venezia. Dove Grace darà la chiave alla donna che l’ha assunta: la trafficante d’armi Alanna Mitsopolis (Vanessa Kirby).
Al mega party organizzato dalla Vedova Bianca si ritrovano tutti: Ethan, Benji, Luther e la rediviva Elsa. Gabriel, Paris e ovviamente Grace. Gabriel, ex agente dell’IMF, lavora ora per l’AI e punta ad avere la chiave intera per poterla proteggere.
Si dice disposto allora a comprare da Alanna l’altra metà della chiave, quella rubata da Grace, conducendo la trattativa il giorno seguente a bordo dell’Orient Express. Pena, la morte della donna, che accetta di buon grado l’accordo. Nonostante le suppliche di Ethan. Ethan, Ilsa e Grace fuggono dal party. Ethan cade in un’imboscata organizzata dall’AI e riesce a salvarsi dall’aggressione di Paris, risparmiandole le vita.
Ma non riuscendo a salvare Ilsa, uccisa da Gabriel mentre stava tentando di proteggere Grace. Il piano di Ethan cambia. Cerca di coinvolgere Grace, in colpa per la morte di Ilsa, chiedendole di assumere l’identità di Alanna e di condurre la trattativa con il compratore sul treno, per poi dare ad Hunt la chiave intera. Dopo di che, chiede a Grace di contattare Kittridge ed entrare così nell’IMF.
L’Entità si mette subito in azione rovinando la maschera di Hunt che avrebbe dovuto impersonare il fratello di Alanna, Zola. Grace dovrà quindi agire da sola. Narcotizza Alanna, ne assume le sembianze e si prepara a incontrare il compratore: Eugene Kittridge, detentore dell’altra metà della chiave. Gabriel agisce nell’ombra, allora, sabotando il treno.
E soprattutto incontrando il capo dell’Intelligence americana (Cary Elwes), l’unico a sapere dove si trovi l’Entità, situata a bordo del Sebastopol. Ottenuta l’informazione, Gabriel uccide lui e colpisce Paris, per eliminare ogni possibile testimone. Così, mentre Ethan con una spericolata manovra, riesce a salire a bordo del treno, Grace/Alanna incontra Kittridge.
Verificato che le due metà delle chiavi sono giuste, Grace prova a prendersi gioco di Ethan un’altra volta, ottenendo dei soldi da destinare a sé stessa. A pochi secondi dalla fine della transazione multimilionaria, la ragazza si rende conto di non poter tradire un’altra volta Ethan e rinuncia. Durante una colluttazione, Gabriel riesce a prendere la chiave intera e lotta duramente con Ethan, che fa appello a tutta la sua saggezza per non ucciderlo (ipotesi già prevista dall’Entità).
Grazie all’aiuto insperato degli agenti americani, nel finale di Mission: Impossible – Dead Reckoning – Parte 1 Ethan si appropria della chiave, rubandola a Gabriel. L’uomo, inconsapevole, fugge dal treno certo di aver vinto. Non solo non ha più la chiave, ma Ethan è riuscito a salvare tutti i passeggeri del treno, destinato a cadere in una scarpata dopo che il ponte su cui viaggiava è stato fatto esplodere da Gabriel. Ethan si riunisce con Grace e soprattutto ritrova Paris che in punto di morte, per ringraziarlo di essere stata risparmiata a Venezia, rivela all’agente che l’Entità si trova sul Sebastopol. Grace allora decide di entrare nell’IMF.