Emilia Pérez termina con la morte di Emilia, di sua moglie Jessica e del di lei amante Gustavo, dopo che l’ex moglie del narcotrafficante Juan Del Monte ha avuto un ripensamento sul fuggire con lui, e con i soldi appartenenti alla stessa Emilia.
Rita Moro Castro (Zoe Saldana) è un avvocato sottopagato di uno studio legale, totalmente insoddisfatta della propria vita. Una sera, viene sequestrata dagli uomini del temutissimo narcotrafficante messicano Juan Del Monte (Karla Sofía Gascón), che le chiede di inscenare la propria morte, e di procurargli un bravo chirurgo per renderlo la donna che ha sempre voluto essere. In cambio, ella riceverà un compenso di due milioni di dollari.
Dopo essere stata minacciata dal criminale, la donna riesce ad incontrare il dottor Wasserman (Mark Ivanir), che offre i propri servizi. Durante una festa organizzata da Juan, per dire addio alla sua precedente vita, Rita fa la conoscenza della moglie dello stesso Del Monte, Jessica (Selena Gomez). Spedita la moglie e i figli in Svizzera, il signore della droga inscena la sua morte, e viene sottoposto a numerosi interventi chirurgici che la trasformano in Emilia Pérez.
Volendo rivedere la propria famiglia, Emilia chiede aiuto a Rita, sempre però facendogli credere che il loro padre è morto. Spacciandosi come una zia Del Monte, riesce a rivederli. In seguito alla morte di alcuni uomini del suo vecchio cartello, la donna decide di aprire una fondazione benefica, la Lucecita, per dare lavoro e assistenza a persone in difficoltà. E nel frattempo, inizia una relazione con Epifanía (Adriana Paz).
Ma durante un litigio con Jessica, riguardo al fatto di volersi risposare con Gustavo (Edgar Ramirez) e portare via i figli, Emilia esce allo scoperto. Dopo aver fatto pestare l’uomo da un suo ex associato, la situazione porta la stessa Jessica a scappare con i ragazzi. Questo gesto non fa altro che aggravare la situazione, in quanto i conti dell’ex moglie vengono bloccati dalla stessa Perez. Ciò porta in seguito al suo rapimento.
Ricevuto un pacco con all’interno alcune dita, Rita chiama alcuni uomini del vecchio cartello per andare a salvare Emilia. Questo porta successivamente alla morte degli ex coniugi Del Monte.
Emilia Pérez ha ottenuto a Cannes il premio all’intero cast femminile. E sarà un sicuro protagonista ai prossimi Oscar.
