I Croods si conclude con Grug che riesce a salvare in extremis la sua famiglia dal cataclisma, riappacificandosi in seguito con sua figlia Eep. Raggiunta una spiaggia isolata, i Croods decidono di stabilire la loro nuova casa.
Durante una fittizia epoca primitiva, la famiglia Croods è impegnata in una difficoltosa battuta di caccia. Una volta finita, la figlia maggiore di Grug (Nicolas Cage), Eep (Emma Stone), si avventura presso la cima di una montagna, venendo in seguito rimproverata da suo padre. Quella notte, la ragazza esce senza permesso dalla caverna, spinta da uno strano rumore. Dopo pochi passi, conosce Guy (Ryan Reynolds), un nomade appartenente alla razza dell’homo sapiens, che le mostra come accendere un fuoco. Prima di andarsene, il ragazzo la avverte che presto ci sarà un terremoto. Raggiunta dal genitore furente, viene messa in punizione, ma pochi istanti dopo essere tornati nella grotta, il terremoto distrugge la loro caverna.
La famiglia vaga nella foresta, aiutata da Guy. Durante il viaggio per raggiungere una montagna, il ragazzo organizza una battuta di caccia e racconta ai primitivi una storia affascinante sul futuro, guadagnandosi progressivamente la fiducia della famiglia. A eccezione di Grug. Inizialmente intenzionato ad abbandonare i Croods, Guy torna sui suoi passi perché prova qualcosa, ricambiato, per Eep. Arrivati a destinazione, molti membri dei Croods sono contrari all’idea di nascondersi di nuovo dentro le caverne, spinti dalla curiosità scaturita dai racconti di Guy. Dopo un breve inseguimento, Grug e Guy cadono in una vasca di catrame. Qui il ragazzo rivela di aver perso la sua famiglia. E finalmente ricevendo il rispetto di Grug.
Riusciti a salvarsi grazie all’aiuto involontario di una tigre dai denti a sciabola, i due si ricongiungono col resto del gruppo. Finalmente giunti sulla cima della montagna, inizia a crollare una parete rocciosa che costringe i Croods a tentare di trovare un riparo. Contrario al suo principio di nascondersi nelle caverne, Grug manda i suoi familiari dall’altra parte del cratere, non prima di essersi riappacificato con sua figlia. Costruendo una rudimentale macchina volante, l’uomo riesce a salvare in extremis sé stesso e altri animali dalla catastrofe. Di nuovo insieme, il gruppo decide di stabilirsi nei pressi di una spiaggia.