I Goonies si conclude con la cattura della banda Fratelli da parte della polizia, a eccezione di Sloth che vivrà con Chunk. Mentre Brandon e Andy si fidanzano e Mouth e Stef mettono da parte la loro reciproca antipatia, l’antico galeone prende il largo dopo essere stato liberato dalle esplosioni di dinamite.
Astoria, Oregon. Dopo essere evaso di prigione, il criminale Jake Fratelli (Robert Davi) si ricongiunge con la madre Agatha (Anne Ramsey) e al fratello Francis (Joe Pantoliano). Mentre vengono inseguiti dalla polizia, nel quartiere di Goon Docks, i giovani Clark (Corey Feldman), Chunk (Jeff Cohen) e Data (Ke Huy Quan) si recano a casa dei fratelli Mikey (Sean Astin) e Brandon (Josh Brolin) per dare la notizia dello sgombero del quartiere, dato che due imprenditori sono intenzionati ad acquistarlo per costruirvici un campo da golf. Mentre si stanno effettuando i traslochi, i ragazzi si recano nella soffitta di casa Walsh, dove scoprono un medaglione e una mappa in lingua spagnola che conduce al tesoro di Willy l’Orbo.
Intenzionati a trovare il tesoro per poter impedire lo sfratto, il gruppo crede che esso si trovi nei pressi del quartiere. Seguendo le indicazioni della mappa, i ragazzi arrivano a un vecchio ristorante abbandonato, dove hanno il loro primo incontro con la banda Fratelli, e con il loro deforme membro Sloth (John Matuszak). Studiando successivamente un piano per poter tornare nel locale, i Goonies lasciano Chunk in superficie per andare ad avvertire la polizia in caso di bisogno, mentre gli altri si recano in un cunicolo sotterraneo. Scoperto e interrogato dalla banda, Chunk viene assegnato a Sloth, con il quale instaura una grande amicizia.
Riuscendo a superare diversi marchingegni e trappole create dallo stesso pirata, il gruppo viene raggiunto dalla banda Fratelli, ma grazie a un’invenzione di Data, riescono a seminarli. Arrivati davanti a un pianoforte, i ragazzi vi scoprono un passaggio segreto che conduce al galeone di Willy l’Orbo. Ma quando stanno per andarsene con il bottino, vengono bloccati dai malviventi.
Salvati da Chunk e Sloth, i Goonies accendono indirettamente un candelotto di dinamite durante la fuga. Costretti a rinunciare al tesoro, il gruppo torna in superficie, dove li attendono i loro genitori e la polizia. Riusciti a riscattare il quartiere grazie un sacchetto di pietre preziose nascosto nel giubbotto di Mikey, gli abitanti di Goon Docks tornano nelle loro case, mentre la banda Fratelli viene arrestata.
