Il Padrino termina con Michael Corleone che riceve i dovuti omaggi come nuovo padrino, mentre la famiglia sta completando i preparativi per trasferirsi a Las Vegas, dove l’attività del gioco d’azzardo si sta legalmente espandendo.
New York. 1945. Dopo il fastoso matrimonio della sua quartogenita Connie (Talia Shire) con Carlo Rizzi (Gianni Russo), il capo della famiglia Corleone, Don Vito (Marlon Brando), riceve il trafficante di droga Virgil Sollozzo (Al Lettieri). Rifiutando di dare il suo appoggio al nascente traffico di stupefacenti, il boss rimane vittima di un attentato pochi giorni dopo. Scoppiata una sanguinosa guerra con la famiglia Tattaglia, Michele Corleone (Al Pacino) chiede a suo fratello Santino (James Caan) di poter uccidere il trafficante e il corrotto capitano di polizia McCluskey (Sterling Hayden).
Dopo aver ucciso i due in un ristorante, il ragazzo lascia il paese e si rifugia in Sicilia, dove sposa successivamente Apollonia (Simonetta Stefanelli). Nel frattempo, Sonny rimane vittima di un’imboscata organizzata da Don Emilio Barzini (Richard Conte). Ripresosi dalle ferite, Don Vito chiede al suo figlioccio e consigliere Tom Hagen (Robert Duvall), un incontro con i capi delle cinque famiglie, per stipulare una tregua, e per chiedere garanzie per l’incolumità di Michael. In cambio, egli offre i propri contatti giudiziari per la protezione del nuovo traffico di droga.
Scampato miracolosamente a un attentato, dove vi rimane vittima sua moglie, Michael ritorna in America per prendere il posto di suo fratello maggiore all’interno della famiglia. E in breve tempo ne diventa il capo, dopo che suo padre decide di ritirarsi a vita privata. Egli consiglia al figlio che quando le altre famiglie vorranno organizzare un incontro, sarà solamente per eliminarlo.
Alla morte del padre, l’uomo ha il via libera per organizzare una rappresaglia contro i capi delle altre famiglie e i traditori dei Corleone, durante il battesimo del figlio di Connie e Carlo, alla quale gli hanno chiesto di fargli da padrino. Riacquisito il potere a New York, la famiglia Corleone è pronta a trasferirsi nel Nevada per iniziare ad espandere le loro attività legali nel gioco d’azzardo.