The Batman si conclude con Batman che sventa il piano dell’Enigmista di voler uccidere i presenti al Gotham Square Garden durante la proclamazione del nuovo sindaco di Gotham City, Bella Reál. Prendendo coscienza di dover diventare un simbolo di speranza anziché di vendetta per i cittadini, il crociato incappucciato si congeda con Selina Kyle. E si prepara ad affrontare le nuove minacce pronte a impadronirsi di Gotham.
Inizialmente previsto come capitolo del vecchio universo cinematografico della Warner/DC, con Ben Affleck nella doppia veste di regista/attore protagonista, la pellicola si è tramutata progressivamente in un nuovo film reboot, diretto da Matt Reeves. Un ‘opera che dà inizio a una nuova trilogia filmica sul celebre supereroe. Tra le storie fumettistiche sul personaggio che hanno ispirato lo sviluppo dello script vi sono: Il Lungo Halloween, Vittoria Oscura, Città Spezzata e Batman: Anno Uno.
Gotham City, 31 ottobre 2022. Il miliardario Bruce Wayne (Robert Pattinson) da due anni collabora con il tenente James Gordon (Jeffrey Wright) e il Dipartimento di polizia nei panni del temuto vigilante mascherato Batman. Durante la notte di Halloween, alla vigilia delle elezioni, il sindaco uscente Don Mitchell Jr. (Rupert Penry-Jones) viene brutalmente assassinato da un criminale noto come l’Enigmista (Paul Dano). Sulla scena del crimine il killer ha lasciato un messaggio per lo stesso Batman.
Durante le indagini, il vigilante e il poliziotto ritrovano una chiavetta USB contenente alcune foto dello stesso Mitchell con una ragazza sconosciuta nei pressi dell’Iceberg Lounge. Si tratta di un locale notturno gestito dal braccio destro del boss Carmine Falcone (John Turturro), Oswald Cobblepot (Colin Farrell) alias Il Pinguino. Infiltratosi nella discoteca per interrogarlo, Batman fa la conoscenza di Selina Kyle (Zoë Kravitz), una cameriera che conosce la misteriosa ragazza. È la sua coinquilina Annika Kosolov (Hana Hrzic). Tornati insieme all’appartamento della donna, si scopre che Annika è scomparsa, mentre alla televisione viene annunciato un nuovo omicidio da parte del killer. La vittima è il commissario del GCPD Pete Savage (Alex Ferns), che si scoprirà essere sul libro paga del boss malavitoso.
Collaborando con Batman per cercare l’amica scomparsa, Selina si reca presso il club nascosto all’interno dell’Iceberg Lounge, frequentato dalle persone altolocate della città. Tra questi vi si trova il procuratore distrettuale Gill Coulson (Peter Sarsgaard) che in preda agli effetti della droga, inizia a parlare di un informatore che ha aiutato gli organi giudiziari in una maxi operazione fatta per arrestare il boss Salvatore Maroni. Quella stessa notte, il procuratore finisce nelle mani dell’Enigmista, che lo costringerà il giorno successivo a interrompere i funerali del sindaco. Raggiunto dall’uomo pipistrello, l’uomo inizia a rispondere a tre indovinelli del criminale, ma al terzo si rifiuta di rivelare il nome della talpa dietro il caso Maroni. Ed esplode.
Pensando che la talpa possa essere il Pinguino, il duo di detective lo rintraccia mentre si appresta a effettuare un acquisto di droga. Scoprono che la maxi operazione era un bluff. Quando Selina, che si appresta a rubare i soldi dello stesso Cobblepot, li raggiunge, trovano il cadavere di Annika nel bagagliaio. Batman insegue e ferma il malvivente, ma nemmeno lui è l’informatore. Seguendo alcune tracce lasciate dall’Enigmista, lui e Gordon si recano al vecchio orfanotrofio abbandonato finanziato dalla famiglia Wayne. Scoprono che lo stesso Bruce è la prossima vittima. Il maggiordomo del ragazzo Alfred Pennyworth (Andy Serkis) finisce in ospedale dopo aver aperto un pacco bomba destinato a Wayne.
Dopo l’attentato fallito, il killer fa trapelare online un video con le prove risalenti a vent’anni prima. Thomas Wayne (Luke Roberts), durante la sua campagna a sindaco della città, fu in combutta con Falcone allo scopo di eliminare il giornalista Edward Elliott dopo che questi aveva scoperto prove compromettenti sullo stato di salute mentale di sua moglie Martha. Sconvolto, Bruce colloquia sia con il boss che con lo stesso Alfred, che gli danno opinioni divergenti sull’accaduto. Rincontrandosi con Selina, la donna gli rivela che il mafioso è suo padre. E che ha ucciso Annika, dopo che ella aveva scoperto da Mitchell che era la talpa. Bruce impedisce alla ragazza di ucciderlo. Arrestato e portato allo scoperto, Falcone viene successivamente ucciso dall’Enigmista, alias Edward Nashton, che si consegna poco dopo alla polizia.
Trasferito all’Arkham Asylum, Nashton rivela al crociato incappucciato di essersi ispirato alle sue gesta, prendendo di mira i corrotti della città. Venuto a conoscenza del suo piano finale di inondare la città e di uccidere la neo sindaco Bella Reál (Jayme Lawson), l’uomo pipistrello si reca al Gotham Square Garden e lo sventa. Vedendo con i propri occhi che le sue azioni stavano portando verso una strada distorta, il supereroe decide di voler diventare un simbolo di speranza per la gente. Salutata Selina, decisa ad abbandonare per sempre Gotham City, Bruce Wayne si prepara ad affrontare le prossime minacce per la città.