Planet of the Apes – Il pianeta delle scimmie si conclude con il capitano Leo Davidson che una volta raggiunta la Terra, crede di essere tornato nella sua epoca. Atterrato a Washington D.C, l’astronauta scopre che il pianeta è popolato totalmente dalle scimmie.
2029. L’astronauta Leo Davidson (Mark Wahlberg) lavora presso la base spaziale Oberon a stretto contatto con primati altamente addestrati per compiere missioni spaziali. Stabilisce un forte legame con lo scimpanzé Pericles. Quando una tempesta elettromagnetica si avvicina nei pressi della stazione, il primate entra nella propria navicella per andare in esplorazione, scomparendo al suo interno.
Il pilota, allora, cerca di andare incontro all’amico, ma finisce per schiantarsi in una palude del pianeta Ashlar, popolato da scimmie antropomorfe che hanno reso schiavi gli esseri umani. Catturato, l’uomo viene comprato dall’orango Limbo (Paul Giamatti), per poi essere venduto a sua volta alla scimpanzé Ari (Helena Bonham Carter). Insieme a lui vi è anche Daena (Estella Warren), una ragazza umana.
Dopo una serie di circostanze, Leo riesce a liberarsi e libera molti umani e scimmie – tra cui l’ex soldato Krull (Cary-Hiroyuki Tagawa) – dirigendosi verso il luogo sacro denominato Calima. Scopre in seguito che si tratta dei resti dell’Oberon. Mentre in varie parti del pianeta si sparge la voce di una ribellione umana, il generale Thade (Tim Roth) e il suo luogotenente, il Colonnello Attar (Michael Clarke Duncan), si preparano a dare battaglia. Mentre infuriano i combattimenti, la navicella di Pericles atterra nei pressi del campo di battaglia. Qui i primati scambiano lo scimpanzé per il dio reincarnato Seamus, la prima scimmia intelligente dei loro racconti. Invitato dall’amico a salire sui resti della stazione spaziale, Leo poco dopo è soggetto a una feroce lotta con Thade.
Dopo aver sconfitto il perfido generale e averlo abbandonato al suo destino, uomini e scimmie rendono omaggio ai caduti, tra cui Krull. Salutati i suoi compagni, Leo affida ad Ari il suo amico Pericles, partendo con la sua navicella. Attraversata la tempesta, l’astronauta crede di essere tornato sul pianeta Terra della sua epoca, ma egli scopre con orrore che essa e governata da Thade e da una nuova specie di primati.
