Le verità nascoste termina con la morte di Norman Spencer, dopo che questi ha cercato di uccidere sua moglie Claire. Il tutto avviene grazie allo spirito dell’ex amante dell’uomo, Maddison, che aiuta la donna a farlo annegare sul fondo del lago.
Dopo che sua figlia Caitlin (Katharine Towne) è partita per il college, Claire Spencer (Michelle Pfeiffer) si trasferisce insieme a suo marito Norman (Harrison Ford) in una casa sul lago nel Vermont. L’uomo è un professore universitario stimato. Nei primi giorni di ambientamento, Claire inizia a notare degli strani comportamenti da parte della sua vicina di casa Mary Feur (Miranda Otto). Ne parla con il coniuge, che minimizza le preoccupazioni, dicendole che sono frutto delle amnesie dell’incidente che aveva coinvolto la donna tempo prima. Nel frattempo, mentre Claire inizia a percepire la presenza di un fantasma nei pressi del lago, la vicina scompare nel nulla.
Pensando che lo spirito appartenga alla stessa Mary, Claire tenta di comunicare con lui tramite una tavola ouja, assistita dalla sua amica Jody (Diana Scarwid). Dopo la fallimentare seduta spiritica, iniziano a verificarsi degli strani fenomeni paranormali in casa Spencer, che fanno pensare che la vicina di casa stia cercando di comunicare. Ma la rediviva Mary Feur si ripresenta dopo qualche giorno. In seguito ad alcune indagini, Claire scopre che lo spirito che la tormenta è quello di Madison Elizabeth Frank (Amber Valletta), una studentessa universitaria che ebbe una relazione con Norman durante una crisi coniugale. E che fu la causa scatenante del suo incidente automobilistico.
Cercando conforto nella sua migliore amica, la donna scopre che lei sapeva della relazione di Norman, ma di non averglielo svelato per non ferirla. Tornando a casa per avere un chiarimento, Claire scopre che suo marito ha tentato il suicidio. Dopo aver ritrovato una scatola contenente la collana che aveva regalato a Maddison, la donna smaschera le false confessioni di Norman. Scopre così che l’ha uccisa per evitare che la loro relazione diventasse di pubblico dominio. E di aver inscenato il suicidio per tentare di riavvicinarsi a lei. Claire cerca di scappare attraverso il lago. Raggiunta da Norman, la donna riesce a sbarazzarsi di lui grazie all’aiuto dello spirito di Maddison. Tempo dopo, Claire si reca presso la tomba della ragazza.
