Il paziente inglese finisce con la morte di Laszlo Almásy (Ralph Fiennes), il conte ungherese che, per porre fine alle sue sofferenze, chiede ad Hana (Juliette Binoche), infermiera canadese vedova di guerra, una dose letale di morfina. La giovane donna, nonostante sia affascinata e attratta dall’uomo, accetta e nello stesso momento in cui gli inietta la morfina gli legge gli ultimi appunti del diario di Katharine (Kristin Scott Thomas). Infine, Hana lascia il monastero con Caravaggio, simboleggiando la fine di un capitolo della sua vita e l’inizio di una nuova fase.
Inizialmente, David Caravaggio (Willem Dafoe) spia canadese che collabora con i partigiani, è l’unico ad essere a conoscenza della vera identità del paziente inglese a causa di misteriosi contatti tra i due. Ma, in seguito, grazie alle letture di Hana delle Storie di Erodoto che riportano alla memoria il suo passato, Almásy riprende coscienza di sé. Catapultato indietro nel tempo, “il paziente inglese”, così chiamato dalla bella infermiera per l’accento britannico, alterna a continui piacevoli ricordi, dolorosi momenti, tra i quali il periodo precedente alla Seconda Guerra Mondiale, quando nel deserto del Nord Africa, conobbe Katharine, la moglie del lord inglese Geoffrey Clifton.
La storia d’amore, proibita e intensa, tra Almásy e Katharine portò a una serie di eventi drammatici durante la guerra, con il conseguente incidente aereo nel deserto che, oltre ad avergli causato gravi ustioni e lacerazioni, gli anche ha provocato la perdita della memoria. Trasportato in in un monastero bombardato nella campagna italiana, Almásy viene assistito dall’infermiera Hana che, affascinata dall’uomo e attratta dai suoi misteri, cerca di confortarlo con le letture quotidiane. Contemporaneamente, trovano alloggio Caravaggio e sikh Kip Singh, artificiere incaricato di bonificare la zona dalle bombe.
Nel finale di Il paziente inglese Almásy, dopo aver raccontato la sua storia ad Hana, è pronto a concludere la sua vita per ritrovare, finalmente, la pace. Hana, stremata dall’evento, trova consolazione prima tra le braccia dell’artificiere e poi tra quelle del Caravaggio con il quale decide di lasciare il monastero per intraprendere una nuova vita insieme a Firenze.